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小腸球蟲感染小腸球蟲主要寄生于腸粘膜上皮細胞中，當其大量生長繁殖時，必然導致腸粘膜增厚，水腫，嚴重脫落及出血等病變，使飼料不能完全被消化吸收，同時對水分的吸收也明顯減少。盡管雞大量飲水，也會引起脫水現象，所以發病雞所排糞便很稀薄且不成形，內含有沒有被消化的飼料。 細菌感染細菌能引起腸炎，也是肉雞腸毒綜合癥病因之一。如沙門氏菌、產氣夾膜梭菌等，通過刺激破壞腸道黏膜，引起炎癥使腸蠕動速度加快，消化液排泄過多，飼料通過消化道的時間縮短，導致消化不良。 病毒感染病毒也是引起腸毒綜合癥的誘因之一，如呼腸弧病毒引起腸炎，損害腸道的吸收功能。 腸道內的酸堿平衡失調由于季節、飼料、病原微生物等原因引起腸道菌群失調，產生大量乳酸，使腸道內pH值嚴重降低，腸道內環境發生改變，有益菌減少有害菌大量繁殖，又由于此時腸道處于厭氧環境，魏氏梭菌、腸梭菌等厭氧菌會大量繁殖，有害菌與球蟲相互協調而加強了致病性。這樣就會造成有益菌減少，而有害菌大量生長繁殖，特別是大腸桿菌、沙門氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激腸道粘膜使腸蠕動加快，消化液排出增多，飼料通過腸道的時間縮短，形成消化不良。未消化的飼料隨同脫落的粘膜一起排出體外，形成西紅柿樣或魚腸樣糞便。 電解質大量流失由于球蟲和有害菌大量生長繁殖導致消化不良和腸道吸收障礙，使電解質吸收減少。同時，由于大量的腸粘膜細胞迅速破裂崩解，使電解質大量流失，出現生理生化障礙，特別是鉀離子的大量流失，會導致心臟的興奮性過度增強，這也是肉雞猝死癥明顯增多的主要原因之一。 自體中毒在發病過程中，大量腸道上皮細胞破裂，在細菌的作用下，發生腐敗分解，以及脫落的腸粘膜、死亡的蟲體等在體內發酵分解產生大量有毒物質。同時，腸道內異常菌群分泌的毒素均會被機體吸收后發生自體中毒，出現興奮不安、尖叫、癱瘓而衰竭死亡等癥狀。 飼料因素飼料中大量的能量、蛋白質和部分維生素能促進細菌與球蟲的大量繁殖，加重癥狀。所以營養越豐富，發病率就越高，癥狀就越嚴重。而飼喂品質較低的飼料相對發病較低，霉變飼料也能加重病情。

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