1.出雛前階段

    種蛋的蛋殼已進(jìn)化成為能夠抵御微生物入侵的一道壁壘。然而，保護(hù)蛋殼的角質(zhì)層可能會(huì)被降解，這會(huì)導(dǎo)致微生物穿透蛋殼侵入到種蛋內(nèi)部。從管理的角度來(lái)看，這種情況可能會(huì)發(fā)生于種蛋剛產(chǎn)出后、處于產(chǎn)蛋箱時(shí)、用傳送帶輸送時(shí)或處于集蛋平臺(tái)上時(shí)。因此，微生物依然可能會(huì)以不同于其在哺乳動(dòng)物中的方式從母雞垂直傳播給雛雞。致病微生物如沙門(mén)氏菌、大腸桿菌、支原體和彎曲桿菌都可以在家禽中進(jìn)行垂直傳播。對(duì)沙門(mén)氏菌和支原體進(jìn)行的研究表明細(xì)菌可以存在于家禽的卵巢內(nèi)，于是有人認(rèn)為有益微生物也可以發(fā)生垂直傳播的假設(shè)似乎也是合理的。我們通過(guò)解剖母雞的生殖道可以發(fā)現(xiàn)，胚胎很可能在蛋殼形成之前就已接觸了微生物。在胚胎發(fā)育過(guò)程中，微生物很有可能已在胚胎的腸道內(nèi)定植了，特別是當(dāng)胚胎開(kāi)始攝取羊水時(shí)。另外，如果微生物出現(xiàn)在卵黃囊中，那么它們可能在胚胎發(fā)育過(guò)程中，在卵黃囊回縮入腸道后被帶入體內(nèi)。胚胎感染細(xì)菌不一定是致命的，事實(shí)上在篩選致病菌株時(shí)就是用微生物對(duì)雞胚進(jìn)行攻毒。有報(bào)道稱，在家禽胚胎中發(fā)現(xiàn)了活的細(xì)菌，不過(guò)分子檢測(cè)已證實(shí)這些微生物的多樣性很低，這表明它們是家禽腸道中的早期菌群)。人們?cè)谂咛ブ袡z測(cè)到與梭菌屬、丙酸桿菌屬和乳酸桿菌屬相關(guān)的菌種，這表明這些微生物可能是從由母雞垂直傳播給雛雞的，即使在商品化生產(chǎn)條件下這種情況也會(huì)發(fā)生。

2.育雛期

    雛雞出雛后會(huì)立即接觸周?chē)h(huán)境中的微生物。商用種蛋孵化器是雛雞污染微生物的一個(gè)源頭，這使得它們?cè)诤锌赡懿痪哂泄采?yīng)的微生物的環(huán)境中出雛。雛雞的進(jìn)食和飲水也會(huì)導(dǎo)致更多的微生物被快速地?cái)z入體內(nèi)。事實(shí)上，抓捕、運(yùn)輸和接種疫苗的過(guò)程均有助于商業(yè)化生產(chǎn)條件下的家禽的腸道微生物菌群發(fā)生變化。在雛雞被運(yùn)送至家禽養(yǎng)殖場(chǎng)的那一刻，其腸道中已有了一個(gè)有明顯結(jié)構(gòu)特性的微生物菌群。腸道微生物菌群的這種構(gòu)建形成十分迅速，并且幼齡雛雞腸道中的菌種在育成期結(jié)束時(shí)可能仍然存在。因此，這會(huì)提出一個(gè)特別嚴(yán)峻的問(wèn)題，即雛雞腸道中早期定植的菌群(如沙門(mén)氏菌和彎曲桿菌)在食品安全上是否也具有十分重要的意義。許多研究表明食源性病原體容易在雛雞出雛后的第1周在雛雞腸道中定植成功，因?yàn)榇藭r(shí)雛雞腸道環(huán)境正處于迅速變化之中，內(nèi)部的微生物菌群缺乏多樣性且極不穩(wěn)定。

在采用厚墊料的家禽養(yǎng)殖場(chǎng)，雛雞將暴露于高度多樣化的環(huán)境中，這會(huì)大大增加雛雞腸道內(nèi)微生物菌種的數(shù)量。在此期間，幼齡雛雞盲腸微生物菌群組成相對(duì)簡(jiǎn)單，且與小腸中的微生物菌群組成非常相似，這表明腸道尚未在空間環(huán)境上形成各種間隔。在3日齡時(shí)，雛雞的回腸微生物菌群大部分是周?chē)h(huán)境中的細(xì)菌，特別是當(dāng)雛雞采用厚墊料飼養(yǎng)時(shí)等；然而，7日齡雛雞的回腸黏膜微生物以乳酸桿菌為主，其次為未分類(lèi)的毛螺菌和腸球菌。2周齡后，雛雞的盲腸和小腸微生物發(fā)育成有明顯差異的菌群。這可能要?dú)w功于腸道空間環(huán)境的成熟，包括pH、氣體(O2、CO2和H2)、表面活性劑、滲透壓、底物和細(xì)菌代謝物[如短鏈脂肪酸的差異。

3.生長(zhǎng)期

    現(xiàn)有的許多報(bào)道都揭示了生長(zhǎng)期雞回腸微生物菌群的組成。 例 如 Nakphichit等發(fā)現(xiàn)，在生長(zhǎng)期雛雞的小腸中，乳酸桿菌的含量豐富，自21日齡開(kāi)始至42日齡，乳酸桿菌的多樣性不斷增加。21日齡時(shí)，唾液乳桿菌、約氏乳桿菌、羅伊氏乳桿菌、口乳桿菌和卷曲乳桿菌出現(xiàn)在雛雞小腸中。3周后，格氏乳桿菌、L. equi、唾液乳桿菌、脆弱乳桿菌、鳥(niǎo)乳桿菌、約氏乳桿菌和羅伊氏乳桿菌大量出現(xiàn)在小腸中。這些研究表明，雖然乳桿菌是小腸微生物菌群的主導(dǎo)細(xì)菌，但隨著家禽年齡的增長(zhǎng)，一系列菌種和菌株會(huì)出現(xiàn)在腸道中。相反，使用傳統(tǒng)培養(yǎng)技術(shù)進(jìn)行的研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)由鏈球菌、葡萄球菌、乳酸桿菌、大腸桿菌、真桿菌、丙酸桿菌和梭菌組成的腸道菌落，這說(shuō)明了利用傳統(tǒng)平板培養(yǎng)方法研究腸道菌群組成存在一定的局限性。Lu等發(fā)現(xiàn)，肉雞回腸中梭狀芽孢桿菌的數(shù)量自育雛期開(kāi)始至生長(zhǎng)期不斷增加，并且在育成期結(jié)束時(shí)達(dá)到豐度。

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